Untuk kereta api lintas selatan serta tengah Jawa lebih dominan dilayani di Stasiun Surabaya Gubeng (khusus KA antarkota) dan Surabaya Kota (khusus KA lokal dan komuter Commuter Line serta Sri Tanjung), sedangkan kereta api lintas utara Jawa lebih dominan dilayani di Stasiun Surabaya Pasarturi.